Tyskernes angrep på Tsjekkoslovakia utløste en ny eksplosjon av mennesker som forsøkte å forlate Sentral-Europa. Etableringen av Protektoratet markerte slutten på et år da den internasjonale flyktningkrisen ble stadig dypere: Ganske nøyaktig året før hadde Hitler innlemmet sitt fødeland Østerrike i Nazi-Tyskland. Etter Münchenavtalen i september fikk han dessuten frie tøyler til å besette de sudettyske delene av Tsjekkoslovakia. Flere titalls tusen østerrikske, sudettyske og tsjekkiske jøder flyktet fra de nylig annekterte landområdene. Mange av dem søkte tilflukt nettopp i den tsjekkoslovakiske hovedstaden.
Blant mylderet av flyktninger, flyktningekomiteer og diplomater som måtte forholde seg til en ny virkelighet i Praha våren 1939, sto folk fra den norske humanitære organisasjonen Nansenhjelpen. I likhet med de fleste andre europeiske land hadde norske myndigheter i prinsippet stengt grensene for jøder på flukt. Mot slutten av 1930-tallet presset organisasjoner som Nansenhjelpen, Jødisk Hjelpeforening og deler av opinionen likevel frem begrensede flyktningekvoter der også jøder kunne komme med. I den anledning reiste både Odd Nansen, Tove Filseth og Sigrid Helliesen Lund personlig til kontinentet for å hente flyktninger til Norge.
I kaoset som rådet kom Leo Eitinger i direkte kontakt med Nansenhjelpens representanter i Praha. Han bisto dem i redningsarbeidet lokalt og fikk til slutt også selv plass på organisasjonens kvote. Eitinger ble slik en av de drøyt 400 jødiske flyktningene som befant seg i Norge like før den tyske okkupasjonen.
Etter angrepet på Norge rettet det tyske sikkerhetspolitiet raskt oppmerksomheten mot den lille gruppen såkalte «jødiske emigranter». De nazistiske myndighetene anså Eitinger og andre jødiske flyktninger som spesielt upålitelige elementer – især de som hadde vært involvert i motstandsarbeid på kontinentet før flukten. Høsten 1940 mistet han også legelisensen for andre gang i løpet av sin forholdsvis korte karriere. I mars 1942 arresterte okkupasjonsmakten Eitinger og en håndfull andre tsjekkiske jøder i norsk eksil. Året etter var han blant de deporterte på skipet Gotenland.
Ved ankomst i Auschwitz plukket leirlegene ut Eitinger til tvangsarbeid. Hans egen bakgrunn som lege bidro til at han fikk tildelt jobben som assistent ved en av leirens sykebrakker. Dette arbeidet hadde flere fordeler: Det var mindre fysisk utmattende, i ly for vær og vind og med en viss anledning til å bevare egen menneskelighet ved å hjelpe medfanger. Samtidig påla SS-administrasjonen Eitinger å fabrikkere falske dødsattester for fanger myrdet med gass, og involverte ham slik også i prosessen med å skjule overgripernes ugjerninger.
Leo Eitinger var en av de få deportere jødene fra Norge som overlevde Auschwitz. Han vendte tilbake i 1945, og ble senere både norsk statsborger og internasjonalt anerkjent for sitt pionerarbeid innen moderne krise- og katastrofepsykiatri.