HL-senteret gjør oppmerksom på at artikkelen er snart ti år gammel og skal oppdateres.
Einsatzgruppenes oppgave var å sikre det tyske herredømmet, det vil si å drepe alle representanter for det kommunistiske partiet i de okkuperte områdene. Jøder ble myrdet som ledd i den nasjonalsosialistiske befolkningspolitikken, mens sigøynere ble stemplet som spioner. Beboerne av utallige landsbyer ble også massakrert, angivelig som ledd i partisanbekjempelse.
I takt med utviklingen av nazistenes folkemordspolitikk, ble også Einsatzgruppenes oppgaver endret. Da Østerrike (1938) og Tsjekkoslovakia (1939) ble innlemmet i «Det tredje rike», var oppgavene deres i første rekke å arrestere tyske flyktninger og kjente anti-nazister. Under krigen i Polen var Einsatzgruppene aktive i organiseringen av de jødiske gettoene, og de drepte polske intellektuelle for å svekke den polske motstandsbevegelsen. En Einsatzgruppe var også i Norge en kort stund i 1940.
Under krigen mot Sovjetunionen (fra sommeren 1941), var Einsatzgruppenes oppgave å utrydde sovjetiske jøder. Kommunistiske aktivister, sovjetiske krigsfanger og sigøynere ble også henrettet av gruppene. I noen områder ble også funksjonshemmede drept hvis de tyske styrkene hadde behov for institusjonene der de var lagt inn.
I Øst-Europa var drapsmetoden hovedsakelig massehenrettelser ved skyting på nært hold. Noen steder ble Einsatzgruppene hjulpet av lokale enheter, som Sonderkommando Arajs. Den sto for drapet på 25.000 latviske og tyske jøder i Rumbula i Latvia i november og desember 1941. En av de største massakrene fant sted i september 1941 i Babi Yar utenfor Kiev i Ukraina. Her drepte Einsatzgruppe C 35.000 jøder og 60.000 sigøynere, krigsfanger og andre sovjetiske sivile.
Politiministeren i Nasjonal Samlings regjering, Jonas Lie, deltok i Einsatzgruppe D i Odessa under massakren av over 80.000 sivile i oktober 1941, hvorav de fleste var jøder.
Rapportene fra Einsatzgruppene til overordnede i Tyskland om hva de gjorde i Sovjetunionen, er en viktig kilde til kunnskap om utviklingen av Holocaust i 1941-1942.
I 1947-1948 ble det ført rettssaker mot 24 offiserer fra Einsatzgruppene i Nürnberg i Tyskland. 14 ble dømt til døden og fem fikk livstidsdommer. Fire av dem som ble dømt til døden ble henrettet, mens de øvrige fikk omgjort sine straffer til livstid i fengsel. Andre ble stilt for retten i Sovjetunionen og andre steder i Tyskland. Først i 1959 gjenopptok Tyskland rettssakene mot menige og offiserer i Einsatzgruppene.