Frem mot sommeren 1941 bar tiltakene mot jødene preg av å være enkeltaksjoner. Fra Nasjonal Samlings side ble propagandaen mot jøder i NS-organet Fritt Folk sterkere i perioden frem mot arrestasjonene. Enkeltaksjoner utført av hirden mot butikker og organisasjoner fikk ofte negative etterspill i pressen, og i en pressemelding 4. juni 1941 forbød NS-ledelsen slike individuelle aksjoner.
Jøder ble likevel arrestert enkeltvis av tysk sikkerhetspoliti. Tilfeldigheter avgjorde ofte hvem som ble rammet, men jødiske flyktninger som hadde kommet til Norge på 1930-tallet, var spesielt utsatt.
18. juni 1941 – fire dager før det tyske angrepet på Sovjetunionen – ble storparten av jødiske menn i Tromsø og Narvik, samt en fra Brønnøysund, arrestert og plassert i Sydspissen leir i Tromsø. De fleste av mennene kom aldri mer på frifot og ble senere deportert sammen med jøder fra resten av landet. 23. juni ble statsløse, russiske, litauiske, estiske og latviske jøder arrestert i østlandsområdet på samme grunnlag. Disse ble senere sluppet fri for en kortere periode.
20. januar 1942 ble jødene i Norge pålagt, med frist til 1. mars samme år, å få legitimasjonskortene sine stemplet med en rød «J».
Denne endringen i politikken overfor jødene ble offentliggjort i avisene i form av «Kunngjøring om stempling av legitimasjonskort som tilhører jøder». Ifølge historiker Bjarte Bruland var dette det viktigste anti-jødiske tiltaket i Norge før massearrestasjonene av jødene begynte. Initiativet til J-stemplingen kom fra det tyske sikkerhetspolitiets leder i Norge, Standartenfürer Heinrich Fehlis. Stemplingen skulle gjelde for alle som hadde tre eller flere «fulljødiske» besteforeldre, alle medlemmene av de mosaiske trossamfunnene og «halvjøder» som var gift med jøder. 1536 personer fikk stemplet sine pass og legitimasjonskort.
I forbindelse med stemplingen av legitimasjonskortene, og etter initiativ fra NS’ statistiske kontor, sendte Politidepartementet 6. februar 1942 ut et rundskriv hvor politiet ble bedt om å påse at jødene fylte ut et skjema med spørsmål om personopplysninger som navn, fødested, fødselsdato og familieforhold. Skjemaet skulle fylles ut i tre eksemplarer. J-stemplet i legitimasjonskortene og spørreskjemaene hjalp tyske og norske NS-myndigheter til å få enda bedre oversikt over jødene i Norge. Informasjonen ble avgjørende når massearrestasjonene ble igangsatt.
22. oktober 1942 ble en flyktninggruppe på ti, hvorav ni var jøder, oppdaget av en grensepolitimann på Haldentoget. En av grenselosene som fulgte flyktningene, skjøt grensepolitimannen før han og to av jødene hoppet av toget. I avisene, som alle var nazifiserte, ble hendelsen slått stort opp, og jødene fikk skylden for drapet på grensepolitimannen. Dette var påskuddet de lokale tyske og norske myndighetene trengte for å sette i gang arrestasjonene av alle jødiske menn i Norge, mandag 26. oktober.
Jødene i Trøndelag var på dette tidspunktet allerede blitt hardt rammet av antijødiske tiltak. Under en unntakstilstand i Trondheim og deler av Sør-Trøndelag 6. til 7. oktober ble mannlige jøder fra 15-16-årsalderen og oppover arrestert og sendt til Falstad fangeleir. Kvinner og barn ble samtidig plassert i to leiligheter i byen. De arresterte jødene i Trondheim ble ikke sluppet løs igjen, og arrestasjonene 6. oktober var derfor det egentlige startskuddet for deportasjonen av de norske jødene.
Etter dramaet på Haldentoget 22. oktober startet forberedelsene til arrestasjonene.
Klokken 10.30 den 25. oktober 1942 mottok landets politikamre et telegram fra statspolitisjef Karl A. Marthinsen med ordre om at alle mannlige jøder over 15 år som hadde legitimasjonskort stemplet med «J» skulle arresteres uansett alder og transporteres til Kirkeveien 23 i Oslo. Arrestasjonene skulle iverksettes 26. oktober.
Videre skulle alle «voksne jødinner» pålegges meldeplikt. Arrestasjonen ble hjemlet i lov av 24. oktober 1942 om anvendelsen av sikkerhetsforordninger overfor personer som «mistenkes for visse overtredelser» eller «å fremme folke- eller statsfiendtlige bestrebelser». De mannlige jødene, flesteparten fra Sør-Norge, ble internert på Berg utenfor Tønsberg. Kun nordmenn deltok i arrestasjonene, men vi vet at tysk sikkerhetspoliti lurte i kulissene og kontrollerte det som skjedde. Berg interneringsleir var underlagt Politidepartementet, og vaktmannskapene var norske. Flere overgrep ble begått mot de 336 jødene som ble internert på Berg.
20. november forlot lasteskipet Monte Rosa Oslo havn med 21 jøder ombord.
Arrestasjonene av de resterende jødene ble gjennomført 25. november utenfor Oslo og 26. november i hovedstaden. 227 jøder fra Berg ble samme dag sendt til Oslo og sammen med andre arresterte jøder fra Sør-Norge overlevert på Utstikker I ved Oslo havn. Også i denne arrestasjonen deltok det bare nordmenn. Jødene ble ført om bord i D/S Donau, som forlot Oslo med 529 jøder 26. november klokken 14.55.
26 andre jøder forlot Oslo samme dag, nok en gang med skipet Monte Rosa. Jøder fra Trondheim, Kristiansund, Narvik og andre byer ble internert på Bredtvedt fengsel. Sammen med jøder fra Grini ble også disse senere deportert, den 25. februar 1943 med skipet Gotenland.
Totalt ble 773 jøder deportert fra Norge. Bare 35 av dem overlevde.